Существует еще одна альтернатива регулированию и налогообложению — продажа квот на загрязнение. Как и в случае с регулированием объема выбросов, правительство устанавливает допустимые границы или максимальную величину выбросов за счет выдачи квот. Однако квоты не выдаются фирмам государством, а распределяются рыночным способом, через систему аукционных торгов, на которых фирмы борются за право осуществлять загрязнение. В принципе, фирмы с высокими издержками снижения уровня выбросов будут готовы заплатить и заплатят большую сумму за право осуществлять загрязнение. Так же как и в случае налогообложения, это приведет к тому, что низкозатратные фирмы сократят выбросы на большую величину, что позволит им достичь заданного уровня выбросов при относительно меньших издержках. Конечный эффект будет таким же, как и при налогообложении, но с одним важным отличием: цена квоты устанавливается самими фирмами в результате аукционных торгов. Торговлю квотами на загрязнение иногда называют «рыночный энвайронментализм» (free-market environmentalism), поскольку она предполагает рыночное решение проблем загрязнения окружающей среды.

В мире действует несколько различных схем продажи квот на загрязнение, среди которых самая масштабная — Схема торговли выбросами Европейского союза (European Union Emission Trading Scheme), созданная в 2005 г. в соответствии с Киотским протоколом. В рамках этой схемы фиксируется максимальная величина общего объема выбросов диоксида углерода, который выпускают крупные установки, такие как электростанции и сильно загрязняющие заводы. Данная схема охватывает почти половину выбросов диоксида углерода на территории Европейского союза.