На практике в рамках данной схемы изначальное размещение квот на загрязнение среди фирм происходило на основе их предыстории, другими словами, фирмы получали квоты пропорционально исторически сложившемуся объему выбросов (а не в результате аукционных торгов). После первоначального размещения фирмы могли решать, осуществлять ли им выбросы на установленном уровне или же продать часть прав на загрязнение другим фирмам. Подобный «ретроподход» оказывается политически привлекательным, по-: кольку в этом случае снижается первоначальная нагрузка на предприятия и тем самым можно предотвратить выход отдельных фирм из бизнеса. Однако в отличие от аукциона при данной схеме правительства теряют средства, которые они могли бы получить от продажи квот. Кроме того, возникают и антистимулы, связанные с тем, что самые злостные в прошлом загрязнители получают самые щедрые квоты на выбросы. Ретроподход может помочь на начальном этапе запуска схемы, однако есть мнение, что квоты на выбросы при начальном размещении в рамках Схемы ЕС оказались слишком щедрыми. Позже квоты торговались на рынке по крайне низким ценам. На втором этапе внедрения данной схемы, который начался в 2007 г., Европейский союз намного жестче относился к выдаче квот.

Еще одно критическое замечание в отношении торговли квотами на выбросы касается издержек, возникающих в процессе торгов, которые оказываются намного выше, чем издержки администрирования налогов на загрязнение. Существует также угроза нестабильности рыночных цен и, следовательно, их непредсказуемости, что может создавать препятствия для долгосрочного планирования деятельности компаний.